Исполком ФФУ 15 января 2018 года принял решение об отстранение Самвела Бабаяна от любой футбольной деятельности.
ФФУ отмечает, что Бабаян незаконно вносил изменения в контракты футболистов во время своей работы в «Пахтакоре». Когда специалист узнал о том, что в команду приходит новое руководство, срок соглашений игроков, рассчитанных до 2018 года, были изменены на 2017 год.
Федерация отмечает, что он пытался продать игроков в зарубежные клубы, которые к концу года стали свободными агентами, и получить личную выгоду.
ФФУ также раскритиковала деятельность Бабаяна на посту главного тренера сборной Узбекистана по футболу.
При выборе игроков в состав Самвел Бабаян полагался на знакомых футболистов, а также игнорировал мнения и рекомендации опытных тренеров и экспертов.
Во время отборочных игр к ЧМ-2018 Самвел Бабаян не наладил дисциплину в команде, не контролировал физическое состояние игроков, которые были сами по себе, безответственно подходил к работе — все это негативно отразилось на уровне сборной и стало причиной недовольства народа.
ФФУ заявила, что федерация проведет основательную проверку деятельности каждого футбольного тренера и примет соответствующие меры.